Bis zum Jahre 1797 war das Gebiet von Auffach ein Teil des Pfarrvikariates Oberau. Daher mussten die Bewohner des hintersten Tales nach Oberau in die Kirche gehen.
Als im Jahre 1719 die Kirche in Oberau abbrannte, baten die Bewohner von Auffach die neue Kirche nicht wieder beim Kellerwirt aufzubauen, sondern in der Mitte des Pfarrgebietes zu Tiefental, damit der Kirchweg nicht mehr so weit wäre. Als sich nun doch der Kellerwirt durchsetzen konnte, und die Kirche wieder auf dem ursprünglichen Platz aufgebaut wurde, setzten in Auffach erneut Bestrebungen zum Bau einer eigenen Kirche ein. Ein Teil wollte sie auf dem Altensbergbühel, ein Teil zu Schwarzenau, der größte Teil aber auf der "Holzer-Eben", wo sie schließlich im Jahre 1799 gebaut wurde. Die Pläne lieferte der Kitzbüheler Stadtbaumeister Andrä Hueber, der letzte bedeutende Kirchenarchitekt des Tiroler Unterlandes.

Der Bau des Gotteshauses um 1800

Da die Männer wegen der Franzosenkriege zur Sicherung der Landgrenzen einrücken mussten, leisteten die Frauen unter Anleitung eines alten Maurergesellen, Georg Auffinger, die meiste Arbeit bei der Errichtung der Kirchenmauern. Die Steine lieferte der Holzerbach an, den Sand trugen die Frauen von der Lahn oberhalb der Baustelle, der braune Kalkstein wurde im Tuff-Tal gebrochen, an Ort und Stelle gebrannt und als Baukalk zum Kirchenbau geliefert. Der damalige Kaplan H. H. Johann Karrer übernahm die Direktion und die Rechnungsführung.

Die Kirchenchronik erzählt erstaunliche Einzelheiten über den Bau:
"H. H. Johann Karrer begann den Kirchenbau ohne vorrätiges Geld. Viele finanzielle und technische Schwierigkeiten mussten überwunden werden, sein großes Gottvertrauen war oft die einzige Stütze. Der Zahlmeister wusste selbst oft kaum, woher doch das Geld kam, sodass er die fälligen Rechnungen immer bezahlen konnte. Bei der ganzen Bauarbeit beschädigte sich kein einziger Arbeiter. Während der ganzen Bauarbeiten regnete es nur bei Nacht, sodass die Arbeiter infolge der schlechten Witterung keine Stunde verloren oder behindert wären. Die Steine lieferte der Holzerbach, und merkwürdigerweise immer nur soviel, als die Bauleute für die kommende Woche benötigten. Augenzeugen und Beobachter schilderten, dass der Bach danach nie mehr so viele Steine geliefert habe. Da die Männer im Franzosenkrieg im Einsatz waren, mussten die Frauen die Feldarbeit verrichten. Trotzdem leisteten diese anstatt sich am Sonntag auszuruhen, zwei bis drei freiwillige Stunden Kirchenarbeit. Sie holten vom Bach Steine und Sand. Sie fühlten bei dieser Arbeit nie Müdigkeit, sondern viel Mut und Freude ... "

Der Turm wurden schon im Jahre 1801 dazugebaut und 1805 wurde Auffach eine vom Pfarrvikariat Oberau unabhängige Seelsorgestelle. Der Friedhof wurde 1805, die Totenkapelle 1820 und die Kirche erst am 5. Juli 1839 durch Kardinal-Erzbischof Friedrich Fürst zu Schwarzenberg geweiht. 1849 wurde das erste Geläute mit drei Glocken angeschafft, 1890 die Kirche restauriert und mit Gemälden versehen.

1891 wurde Auffach zur Pfarre erhoben.

1979 stellte man zum Gedenken an die tüchtigen Frauen beim Kirchenbau um 1800 eine alte, gesprungene Glocke aus dem Jahre 1688 vor der Kirche auf.

In den Jahren 1973, 1974, 1986 und 1987 wurde unter Pfarrer Sebastian Klingler die Pfarrkirche mehrmals renoviert und 1977 das Turmdach erneuert. Im Jahre 2003 konnte unter Pfarrer Josef Aichriedler die letzte Außenrenovierung durchgeführt werden. Dabei wurde das Kirchendach wieder mit Lärchenschindeln neu eingedeckt und der Turm saniert.