Erstmals wurde eine Kirche in Niederau im Jahre 1409 erwähnt. Das überlieferte Weihedatum (1499) zeigt, dass nach verschiedenen Umbauten die heutige Kirche im spätgotischen Stil im letzten Viertel des 15. Jhd. entstanden sein dürfte. Nachweislich ist das Untergeschoss des Turmes zwar noch älter (13. Jhd.), der schlanke Spitzhelm wurde jedoch auch erst um 1500 aufgesetzt. Nach alten Aufzeichnungen weiht am 23. März 1707 der Chiemseer Bischof Siegmund Carl Graf Castel-Barco drei Altäre.

1891 wurde die Pfarre Niederau eine selbständige Pfarre.

Im Jahre 1740 wird wegen der Einsturzgefahr des Gewölbes der Schwazer Baumeister Jakob Singer gerufen. Er entfernte im Chor die Rippen und zieht im Langhaus eine neue Stichkappentonne ein, wobei er sich aber an die gotische Jochteilung hält. Die schönen Stuckarbeiten schuf sein Bruder Johann Singer gemeinsam mit Anton Gigl. Die ausdrucksstarken Fresken schuf Johann Georg Höttinger aus Innsbruck.

Das barocksisierte gotische Kirchlein wurde für die ständig wachsende Bevölkerung zu klein und so wurde im Jahre 1970 die Kirche nach dem Plan von Architekt Prof. Clemens Holzmeister nach Westen hin erweitert und der Altbestand renoviert. In dieser Zeit hat sich der Architekt der ED Salzubrg, Mag. Peter Schuh und der Niederauer Maurermeiser Franz Luchner sehr um eine sinnvolle Restaurierung der Pfarrkirche bemüht. Am 13. Dezember 1970 wurde Kirchweih gehalten.