Anlässlich einer Stiftung der Mittwochmesse wird das Gotteshaus erstmals im Jahre 1394 genannt. Es dürfte aber schon im Zuge der ersten Besiedelung der Wildschönau im 12. Jahrhundert eine Kirche erbaut worden sein. Die Hl. Margaretha ist eine typische "Rodungsheilige", sodass alles darauf hindeutet, dass schon die ersten Siedler auf der Anhöhe des Oberauer Sattels eine Gebetsstätte errichtet hatten.

Die erste Kirche in Oberau wurde als Zukirche zur Mutterpfarre Kundl gegründet. Über die Gestalt und Größe dieser Vorläuferin der heutigen Kirche lässt sich so gut wie gar nichts sagen, da eine verheerende Feuersbrunst im April 1719 die Pfarrkirche, einige Häuser und den gesamten Urkundenstand vernichtete. In großer Eile und mit Hilfe einer Sammelaktion in den Diözesen Salzburg, Chiemsee, Brixen und Freising ging man an den Wiederaufbau. Schon 1722 konnte die Kirche wieder benützt werden, doch scheinen sich die Bauarbeiten nur auf das Nötigste beschränkt zu haben, denn 1747 wird dieser im Kern noch gotische Bestand als baufällig erklärt und wieder abgebrochen.

Nun erst beginnt nach den Plänen des Hippacher Architekten Johann Holzmeister der Neubau. Als eigentliche Seele des gewaltigen Unternehmens darf Sebastian Loy, Bauer zu Ebersleith, bezeichnet werden, ohne dessen weitschauende und tatkräftige Initiative der Bau wohl nicht vollendet worden wäre. So entstand in der Wildschönau die drittgrößte Landkirche Tirols.

War 1752 die Kirche im Rohbau vollendet, so hat der Chiemseer Bischof Franz Karl Eusebius Graf von Friedberg und Trauchburg erst am 15. August 1771 die neue Vikariatskirche geweiht.
Im Jahre 1891 wurde das Vikariat Oberau zur Pfarre erhoben.